O Madara não poderia usar o Izanagi durante a batalha. O Hashirama usa senjutsu, ele notaria claramente que o Madara teria continuado vivo.
O Madara foi pra batalha sabendo que, se perdesse, teria que morrer e voltar a vida de alguma forma para continuar seus planos.
Ou seja: ou ele ganhava a luta e dominaria os demais ninjas por ter tirado Hashirama do seu caminho, ou ele perderia a luta, seria morto e voltaria a vida de alguma forma.
No mangá deixa claro que:
1. Izanagi pode te trazer de volta a vida
2. É uma técnica Uchiha, mas que pode ser boostada com dna senju.
Se é possível A) programar jutsus no sharingan para ele ativar mesmo após a morte (provado por Itachi tanto com Amaterasu no Sasuke como com Koto Amatsukami no Naruto) e B) o sharingan se ativa por conta própria sem precisar que você tenha vontade (vide as ocasiões que citei do Itachi ainda agora), é compreensível que sim, mesmo com o Madara morto há alguns meses o jutsu dele tenha se ativado.
Madara não podia simplesmente morrer e voltar a vida, o Hashirama que tem senjutsu e mokuton etc saberia disso, nisso ele deixou o Izanagi programado para ser ativado um bom tempo depois.
O mangá mostra por acontecimentos anteriores isso é possível.
O problema é que qualquer coisa que alguém não entende, já coloca como erro.
Poxa, Naruto tem erros? Sim, tem, inclusive tem mais erros do que outros mangás populares como One Piece ou Fairy Tail. Agora se tudo que você não entender você colocar como erro, fica bem complicado ter uma discussão coerente.