Senju ou Uchiha.
Se for Senju, roubou / pegou dois sharingans para si e consegue usar eles com perfeição por ser descendente do Rikudou.
Se for Uchiha, roubou / pegou DNA Senju para si e consegue usar ele com perfeição por ser descendente do Rikudou.
Por perfeição digo que o Tobi sabe todos os segredos para usar o poder dos olhos / DNA sem sofrer rejeição do mesmo etc.
Sobre o Tobi controlando os jinchuurikis, creio que ele usa a técnica de sharinga/ rinnegan nos olhos deles para ter controle sobre eles, e não pode usar o poder dos 6 caminhos porque não transmite chakra para eles, diferente dos corpos usados por Nagato, todos os jinchuurikis estão vivos graças ao edo tensei, logo não precisam de barras de chakra para ganharem vida e usar o poder do rinnegan etc.
E ainda aposto no Uchiha Kagami XD