As boas mudanças se limitam a detalhes de jogabilidade, sinceramente
Stack de runas, possibilidade de comprar sem gold na bp, algumas áreas de hunt etc.
De grandes mudanças acho que o aumento da exp para hunts com diferentes vocações foi sensacional
Mas, para ser honesto, as grandes mudanças do jogo foram quase todas um fracasso: o sistema pvp de um modo geral, incluindo runas por hotkey, é a mais significativa para mim
Edit: Ok, fui um pouco pessimista

Os knights realmente mereceram um aumento de dano, assim como os paladins e o ataque dos mages era realmente excessivo (lembro do taifun devilry dando UE de 1k-1,1k em player, isso por volta do level 200); as forças elementais que introduziram UE de druids, que era uma vocação sem expressão; o sistema que previne perdas após mortes por problemas de conexão, apesar de falho, me ajudou algumas vezes quando eu ainda jogava; o market é interessante (nessa linha, também uma das melhores mudanças, por menor que seja, foi a impossibilidade de spamiar o antigo trade channel hah); o treino offline foi legal porque permite que pessoas que não tem muito tempo para jogar não fiquem em tanta desvantagem sobre pessoas que não fazem nada da vida; o sistema de guild wars foi interessante, apesar de não ser usado (a ideia é ótima, mas, como no tibia a maioria dos jogadores tem 13 anos ou são virgens e querem dominar o servidor, e não se divertir, eles não usam essa ferramenta), e algumas outras coisas
Meu recalque de dizer que nada melhorou no início talvez seja coisa de quem viveu uma época do tibia em que a dinamica era completamente diferente; a mudança do sistema pvp, pra mim, foi realmente a coisa mais broxante desse jogo; o que diferenciava o tibia de outros jogos era justamente o sistema pvp, a coisa de jogar runas com o mouse, de perder muita coisa quando morre, de uma guild perder uma war por esgotamento de recursos, e não perder porque tem menos pessoas capazes de ficar online durante 24h... depois disso o jogo perdeu o diferencial, azedou, morreu: virou um jogo comum com gráficos ultrapassados. Pode fazer cidade nova, outfit novo; pode vender o escambau no market: o jogo morreu com sistema pvp, e foi cremado pelos BOTS.