Reflexão 1 -> A resposta do Mig já está bem completa, nada a acrescentar.
Reflexão 2 -> A ideia mais aceita hoje em dia é de que os dinossauros foram extintos por conta de um asteróide que se chocou contra o planeta. A própria notícia postada diz que eles podem ter morrido por asfixiação causada por cinzas vulcânicas.
Porém, o choque desse asteróide também pode ter causado maremotos e tsunamis, o que não elimina a possibilidade de que alguns deles tenham sido extintos por afogamento.
Veja:
[...]ao fim do período [Cretáceo] ocorreu a extinção em massa desses grandes répteis e de diversas espécies de animais da Terra (cerca de 60% deles foi extinto). A teoria mais aceita é a de que a queda de um meteoro de grandes proporções (maior e com maior massa que o Monte Everest - dimensões e massa atuais) na Península de Yucatán, no México, gerou destruição em massa, em função do impacto:
A atmosfera entrou em combustão até algumas centenas de quilômetros do local do impacto (a explosão foi equivalente a de milhares de bombas atômicas)
Terremotos
Maremotos e tsunamis
Na região diametralmente oposta (levando-se em consideração a ovalização da terra nos polos), no que viria a ser a Sibéria, como resultado do impacto e das ondas de choque resultantes, irrompeu um longo período de grande atividade vulcânica, incluindo a formação de supervulcões, o que culminou no escurecimento da atmosfera e na inviabilização da fotossíntese. Isso levou ao desaparecimento dos grandes herbívoros, e por consequência, dos grandes predadores; somente os pequenos animais terrestres e os animais aquáticos (na água as mudanças climáticas impactam em tempos diferentes) puderam sobreviver (inclusive os mamíferos).
A era glacial que se seguiu, deveu-se ao "espessamento" das camadas intermediárias da atmosfera, devido às cinzas vulcânicas que evitaram a passagem do Sol e causando um resfriamento da temperatura média da Terra em alguns graus. Além disso, há a teoria de que a Terra teria se deslocado da sua órbita original em alguns milhões de quilômetros, se afastando do sol, por causa de alterações mínimas no formato de sua órbita e variações no seu eixo de rotação. >> A era glacial ocorre por causa das partículas de cinza vulcânica, que REFLETEM os raios solares, ANTES que estes aqueçam a Terra e com isso há menos calor a ser retido pelo CO2 (dióxido de carbono).
Fonte: http://pt.wikipedia.org/wiki/Cretáceo
Reflexão 2 (a segunda reflexão 2

)
O fato de que as espécies não são criadas por um design inteligente é discutido detalhadamente no livro "O Relojoeiro Cego" (de Richard Dawkins, zoólogo). A começar da página 21 (5a reimpressão), ele contra-argumenta a exposição mais famosa do Argumento do Design
(ou seja, o pensamento de que seria impossível que as espécies atingissem tal complexidade na ausência de um design inteligente), que vem de um tratado do teólogo William Paley, de 1802.
Um trecho de seu contra-argumento (que, logicamente, não substitui de maneira alguma a leitura da obra, que eu recomendo):
"A despeito de todas as aparências, os únicos relojoeiros da natureza são as forças cegas da física, ainda que atuem de um modo especial. Um verdadeiro relojoeiro possui antevisão: ele projeta suas molas e engrenagens e planeja suas conexões imaginando o resultado final com um propósito em mente. A seleção natural, o processo cego, inconsciente e automático que Darwin descobriu e que agora sabemos ser a explicação para a existência e para a forma aparentemente premeditada de todos os seres vivos, não tem propósito em mente. Ela não tem nem mente nem capacidade de imaginação. Não planeja com vistas ao futuro. Não tem visão nem antevisão. Se é que se pode dizer que ela desempenha o papel de relojoeiro da natureza, é o papel de um relojoeiro cego."
Ele continua explicando seu ponto de vista, incluindo reflexões sobre probabilidades e o porque de ser possível tal complexidade biológica sem a necessidade de um "designer".
Novamente, recomendo a leitura dessa obra.
Reflexão 3 -> O trecho está correto. Nada a comentar.
Reflexão 4->
A geração de fósseis, ao contrário do que se poderia supor, é um fenómeno corriqueiro e que ocorre frequentemente. O registo fóssil contém inúmeros vestígios fossilizados dos mais variados organismos do passado geológico da Terra. Tudo pode fossilizar, até mesmo os restos orgânicos mais delicados e perecíveis. Contudo, a preservação de matéria orgânica ou de restos esqueléticos delicados, uma vez que estes se decompõem e são destruídos rapidamente, requer condições de fossilização fora do comum que, por serem especiais, ocorrem na natureza mais raramente. Daí que fósseis de restos destes tipos não sejam frequentes.
Pelo contrário, a preservação de partes esqueléticas biomineralizadas, mais duras e resistentes à decomposição e à erosão, tais como dentes, conchas, carapaças e ossos, é bem mais frequente e, por isso, a esmagadora maioria do registo fóssil é constituída por fósseis deste tipo de restos biológicos. Em qualquer das circunstâncias, para que os restos de um qualquer organismo fossilizem, é fundamental que estes sejam rapidamente cobertos por um material que os preserve, geralmente sedimento.
Fossilization is an exceptionally rare occurrence, because most components of formerly living things tend to decompose relatively quickly following death. In order for an organism to be fossilized, the remains normally need to be covered by sediment as soon as possible. However there are exceptions to this, such as if an organism becomes frozen, desiccated, or comes to rest in an anoxic (oxygen-free) environment. There are several different types of fossils and fossilization processes.
Fontes: http://pt.wikipedia.org/wiki/Fóssil e http://en.wikipedia.org/wiki/Fossil#Rarity_of_fossils
Resumindo, os fósseis são preservados, na maioria dos casos, por sedimentos que cobrem os restos organicos, protegendo-os assim da ação das chuvas, vento, etc.
Os fósseis são raros justamente porque as condições de preservação de restos orgânicos é muito específica.
Reflexão 5 -> Acho que já foi respondido acima, principalmente essa minha última afirmação e no post do Mig. ^

Postado originalmente por
Mig Master
Só para deixar beeeem claro que Origem e Evolução são coisas diferentes e independem entre si.
Exato, o que eu já disse no último tópico lá sobre profecias.