Os acessórios plugados ao seu computador trabalham através de drivers(motoristas, numa tradução livre). Esses "motoristas" conduzem as ações dos acessórios, permitindo que você os use.
O teclado também possui um driver, que geralmente já vem instalado e é reconhecido automaticamente pelo seu Windows.
O teclado virtual utiliza o mesmo driver que o seu teclado e, por isso, é sim registrado pelo Keylogger.
Não se iluda achando que usar o teclado virtual vai inibir as ações de um Keylogger.
Abraços e boa sorte na remoção da praga.
Edit: No caso dos sites de bancos, você não estará usando o teclado virtual do seu computador, mas sim um teclado virtual próprio do site do banco em questão, e este por sua vez usa Deus-sabe-lá que tipo de encriptografia que nada tem a ver com o driver do teclado do seu computador, evitando assim a ação de Keyloggers.
Edit2: Jamais compare QUALQUER COISA com sites de banco. São universos distintos a cada clique. ;X