Falando serio, a maioria dos malwares se ocultam do gerenciador de tarefas, além disso, o ato de finaliza-lo nao o removerá do computador e voce ainda continuará correndo riscos.
Isso sem contar que ainda existem malwares que se passam por outros arquivos do sistema, como spool~, services, svchost, winlogon, etc.
Agora, sobre esses kls profissionais, cite um que nao seja removivel. O fato dele ficar nos diretorios temporarios nao faz dele um arquivo indetectavel, jamais. ;P
É claro, se voce nao colocar pra escanear todo o computador, ele pode nao ser detectado. :S
A grande maioria dos antivirus escaneiam arquivo por arquivo, usando o banco de dados, em alguns casos a heuristica, e outros metodos também.
É sempre bom saber a causa do problema primeiro, da onde ele vem, caso voce nao consiga remove-lo, daí sim optar pela formataçao.
Abraços.