Bem, eu não sou professor de Biologia, então o que falarei agora não é certo, mas baseio-me em coisas de que li:
O Sexo de uma pessoa é definido pelos cromossomos sexuais que ela adquire. Assim, uma pessoa XX é mulher, e uma pessoa XY é homem. O "Hermafroditismo" mais comum é quando a pessoa recebe dois cromossomos diferentes do pai, sendo assim XXY. Mas neste caso, os órgãos genitais masculinos ficam atrofiados.
Outra modalidade de hermafrodita é o hormonal. Apesar do nosso sexo ser definido desde a fecundação, são os hormônios que fazem o trabalho completo. Testosterona para o lado masculino e Estrogênio para o lado feminino. Pessoas que produzem mais Testosterona terão mais pêlos no corpo e voz mais grossa, por exemplo, seja este homem ou mulher. (que normalmente produz menos)
Mas digamos que ocorra uma anormalidade, e um ser XY produza pouca Testosterona e Estrogênio demais. Assim, os seus orgãos sexuais masculinos ficarão reduzidos, e os femininos se desenvolverão! Sim, pois todo homem tem um "projeto" de órgão genital feminino. Aqueles dois riscos que passam na parte inferior do pênis não passam de resquícios de lábios vaginais caso você fosse mulher.
Se houver uma pessoa mais entendida, ela explicará melhor, com certeza. :)
Ps: A palavra "Hermafrodita" vêm da junção dos nomes dos Deuses Gregos "Hermes" e "Afrodite", que nutriam um amor platônico, e por culpa disto Zeus ou uniu no mesmo corpo. ;)
