O que o programa faz é modificar configurações que ficam gravadas no seu MSN, e evita de você entrar, meu amigo sabia reverter, mas ele nem tá on agora, e acho que nem vai ficar tão cedo...
Versão Imprimível
Tenta desinstala-lo completamente e instalar novamente.
Se não funcionar, passa o CCleaner, de uma limpada no registro.
Estranho esse seu problema, ainda mais com apenas um dos MSN, normalmente quem tinha isso era quem colocava aquele bug na menssagem pessoal, mais como vc já discartou essa possibilidade, tá realmente estranho o.0.
CCleaner é um programinha pra apagar arquivos temporários.
Tenta dar uma passada dele, ele é gratis: http://www.ccleaner.com/download
Não lembro onde, tem uma pasta que fica guardado os registros das contas que acessam o msn.
Desoculta as pastas do windows e saia mexendo.
Quando achar, deleta só a que tem a conta bugada e tenta entrar.
Aqui pesquisei meu email deu nas seguintes pastas
C:\Documents and Settings\MEU USUARIO\Contatcs
C:\Documents and Settings\MEU USUARIO\Configurações Locais\Microsoft\Messenger
C:\Documents and Settings\MEU USUARIO\Configurações Locais\Microsoft\Windows Live Contacts
Tenta deletar das 3 e logar novamente.